En los supuestos de muerte violenta o cuando se sospecha que ha sido el resultado de un crimen, se procede a efectuar la autopsia del cadáver antes de enterrarlo, aún cuando pudiera presumirse la causa de la muerte por la apariencia externa. Se trata de un medio de investigación previsto en el proceso penal, de tipo pericial, en el cual se debe detallar la operación practicada. En el procedimiento abreviado, el juez puede acordar que no se practique la autopsia si el médico forense o quien haga sus veces pueden determinar la causa del fallecimiento sin necesidad de aquélla.

La autopsia la realizan los médicos forenses, aunque también cabe que se practique por cualquier facultativo que designe el juez. Pueden intervenir en esta operación más de un facultativo, si el juez lo considerase oportuno o el médico forense lo solicita. El juez podrá conceder el tiempo que se considere necesario para realizar un mejor informe, consultar y redactar otros documentos que sean necesarios.

El lugar para realizar la operación será un local público destinado al efecto (por ejemplo, el Instituto Anatómico Forense), aunque el juez de instrucción puede designar que se realice en otro lugar distinto. La autopsia se practica ame el juez, pero si éste no puede asistir, delegará en un funcionario de policía judicial. El secretario judicial levantará el acta correspondiente, dando fe de su asistencia y de lo que allí ocurra.